مرحله اول: آماده سازی مرغ
ابتدا تکه‌های مرغ را به خوبی شسته و اجازه دهید آب اضافی آن خارج شود. سپس مرغ‌ها را با نمک، فلفل سیاه و زردچوبه مزه‌دار کنید و حداقل چند ساعت در یخچال قرار دهید تا کاملا طعم بگیرند. این کار باعث خوش‌طعم‌تر شدن خورشت فسنجون می‌شود.

مرحله دوم: تفت دادن پیاز
پیازها را ریز و نگینی خرد کرده و داخل قابلمه با مقدار کمی روغن تفت دهید. پیاز باید کاملا نرم و شفاف شود. توجه داشته باشید که در طرز تهیه خورشت فسنجون، استفاده از روغن زیاد توصیه نمی‌شود؛ زیرا گردو در ادامه روغن کافی به خورشت می‌دهد.

مرحله سوم: اضافه کردن مرغ
مرغ‌های مزه‌دار شده را به پیاز اضافه کنید و تفت دهید تا رنگ گوشت تغییر کند. در این مرحله می‌توانید مقدار کمی ادویه اضافه کنید تا طعم مرغ تقویت شود.

مرحله چهارم: افزودن آب و پخت اولیه
۵ تا ۶ لیوان آب سرد به قابلمه اضافه کنید و اجازه دهید خورشت به جوش بیاید. پس از جوش آمدن، حرارت را کم کرده و کف روی خورشت را بگیرید. سپس درب قابلمه را ببندید و اجازه دهید مرغ‌ها حدود ۳۰ تا ۴۵ دقیقه بپزند.

مرحله پنجم: آماده سازی گردو
مغز گردو را چند بار داخل میکسر آسیاب کنید تا کاملا نرم و یکدست شود. گردوی آسیاب شده را با مقدار بسیار کمی روغن حدود یک دقیقه تفت دهید. تفت دادن بیش از حد گردو باعث تلخی خورشت فسنجون می‌شود. سپس یک پیمانه آب سرد اضافه کرده و حرارت را کم کنید تا گردو شروع به روغن انداختن کند.

مرحله ششم: اضافه کردن رب انار و زعفران
پس از روغن انداختن گردو، رب انار و رب گوجه فرنگی را اضافه کرده و حدود ۳۰ دقیقه روی حرارت ملایم تفت دهید. سپس این ترکیب را به مرغ اضافه کنید و در نهایت زعفران دم کرده را داخل خورشت بریزید تا عطر و رنگ آن کامل شود.

مرحله هفتم: جا افتادن خورشت فسنجون
خورشت را ۳۰ تا ۴۵ دقیقه دیگر روی حرارت ملایم قرار دهید تا کاملا جا بیفتد و به غلظت دلخواه برسد. هرچه زمان پخت بیشتر و حرارت کمتر باشد، خورشت فسنجون خوش‌طعم‌تر و روغن‌دارتر خواهد شد.